股東基于股權轉讓而產生的納稅義務亦無法避免，由于股東認識錯誤，導致股權轉讓中的稅收陷阱比比皆是。
一、股權轉讓陰陽合同中的“避稅”條款無效
《股權轉讓協議》中關于轉讓方不須就股權轉讓價款向受讓方提供任何形式的發票，但需出具收據或收條的約定，屬《合同法》第五十二條第（二）項規定的惡意串通，損害國家、集體、或者第三人利益的情形，應為無效條款，但該條款無效不影響案涉合同其他條款的效力。《股權轉讓協議》的其他條款及《補充協議》不違反法律、行政法規的強制性規定，合法有效。
案件來源：最高人民法院在四川京龍建設集團有限公司與簡陽三岔湖旅游快速通道投資有限公司、劉貴良等股權轉讓合同糾紛一案（載《民事審判指導與參考》（2013年第4輯，總第36輯）
二、實繳注冊資本0元，股東0元轉讓股權也要繳稅
某物業管理公司的股東王女士，將其持有公司的10%股權（股東約定認繳現金資本100萬元，王女士占10%應出資10萬元，實繳0元）以人民幣0元轉讓給了劉先生。王女士認為本次轉讓股權收入為0元，實收資本也是0元，無轉讓所得，應該不需要繳納個人所得稅。
可稅務人員在檢查中發現，這家物業管理公司成立于2014年，注冊資本100萬元、實繳資本0元，根據2016年9月這家物業公司的資產負債表列報：所有者權益36266.43元（實收資本為0元，未分配利潤為36266.43元），根據相關規定需要核定其轉讓收入繳納個人所得稅。
對此，稅務人員向王女士解釋，根據《國家稅務總局關于發布〈股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）〉的公告》（國家稅務總局公告2014年第67號）的規定，申報的股權轉讓收入明顯偏低且無正當理由的，主管稅務機關可以核定股權轉讓收入。
申報的股權轉讓收入低于股權對應的凈資產份額的，視為股權轉讓收入明顯偏低。主管稅務機關應依次按照凈資產核定法、類比法以及其他合理方法核定股權轉讓收入。以現金出資方式取得的股權，按照實際支付的價款與取得股權直接相關的合理稅費之和確認股權原值。
對于王女士的這次股權轉讓，物業公司2016年9月《資產負債表》列報的凈資產（所有者權益）為36266.43元，王女士擁有公司10%的股權，所對應的凈資產份額為3626.64元。
筆者特別提示她以0元轉讓其所有的股權，明顯低于其所有的股權對應的凈資產份額，因此，應按上述相關規定核定其本次股權轉讓收入并計算其轉讓所得。
即以股權轉讓收入減除取得股權時的原值和合理費用后的余額為應納稅所得額，按“財產轉讓所得”項目繳納個人所得稅。
三、企業股東轉讓股權并完成工商變更，即使沒有收到股權轉讓款也要繳稅
根據《國家稅務總局關于貫徹落實企業所得稅法若干稅收問題的通知》（國稅函〔2010〕79號）的規定，企業轉讓股權收入，應于轉讓協議生效、且完成股權變更手續時，確認收入的實現。轉讓股權收入扣除為取得該股權所發生的成本后，為股權轉讓所得。
四、納稅人解除原股權轉讓合同并收回轉讓的股權，征收個人所得稅不予退還
根據《國家稅務總局關于納稅人收回轉讓的股權征收個人所得稅問題的批復》（國稅函[2005]130號）的規定，股權轉讓合同履行完畢、股權已作變更登記，且所得已經實現的，轉讓人取得的股權轉讓收入應當依法繳納個人所得稅。
轉讓行為結束后，當事人雙方簽訂并執行解除原股權轉讓合同、退回股權的協議，是另一次股權轉讓行為，對前次轉讓行為征收的個人所得稅款不予退回。
筆者特別提示基于此規定，如果股權轉讓協議已經履行，履行的標志是受讓人已經向轉讓方支付了股權轉讓款，并在當地工商部門辦理了工商變更登記手續。
則當事人雙方簽訂并執行解除原股權轉讓合同、退回股權的協議，對前次轉讓行為征收的個人所得稅款不予退回。
五、新股東以不低于凈資產價格收購股權
新股東以不低于凈資產價格收購股權的，企業原盈余積累已全部計入股權交易價格，新股東取得盈余積累轉增股本的部分，不征收個人所得稅。
國家稅務總局《關于個人投資者收購企業股權后將原盈余積累轉增股本個人所得稅問題的公告》根據《中華人民共和國個人所得稅法》及有關規定，對個人投資者收購企業股權后，將企業原有盈余積累轉增股本有關個人所得稅問題公告如下：
一、1名或多名個人投資者以股權收購方式取得被收購企業100%股權，股權收購前，被收購企業原賬面金額中的“資本公積、盈余公積、未分配利潤”等盈余積累未轉增股本，而在股權交易時將其一并計入股權轉讓價格并履行了所得稅納稅義務。
股權收購后，企業將原賬面金額中的盈余積累向個人投資者(新股東,下同)轉增股本，有關個人所得稅問題區分以下情形處理：
（一）新股東以不低于凈資產價格收購股權的，企業原盈余積累已全部計入股權交易價格，新股東取得盈余積累轉增股本的部分，不征收個人所得稅。
（二）新股東以低于凈資產價格收購股權的，企業原盈余積累中，對于股權收購價格減去原股本的差額部分已經計入股權交易價格，新股東取得盈余積累轉增股本的部分，不征收個人所得稅;對于股權收購價格低于原所有者權益的差額部分未計入股權交易價格，新股東取得盈余積累轉增股本的部分，應按照“利息、股息、紅利所得”項目征收個人所得稅。
新股東以低于凈資產價格收購企業股權后轉增股本，應按照下列順序進行,即:先轉增應稅的盈余積累部分，然后再轉增免稅的盈余積累部分。
二、新股東將所持股權轉讓時，其財產原值為其收購企業股權實際支付的對價及相關稅費。
六、個人股權轉讓過程中取得違約金收入也要征收個人所得稅
《關于個人股權轉讓過程中取得違約金收入征收個人所得稅問題的批復》國稅函【2006】第866號：根據《中華人民共和國個人所得稅法》的有關規定，股權成功轉讓后，轉讓方個人因受讓方個人未按規定期限支付價款而取得的違約金收入，屬于因財產轉讓而產生的收入。
筆者特別提示，轉讓方個人取得的該違約金應并入財產轉讓收入，按照“財產轉讓所得”項目計算繳納個人所得稅，稅款由取得所得的轉讓方個人向主管稅務機關自行申報繳納。
七、個人股權轉讓合同簽訂生效后，即使轉讓方沒有收到股權轉讓款也應當申報納稅
《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法(試行)》國家稅務總局公告2014年第67號：
第二十條 具有下列情形之一的，扣繳義務人、納稅人應當依法在次月15日內向主管稅務機關申報納稅：
（二）股權轉讓協議已簽訂生效的；
八、個人以股權參與上市公司定向增發屬于股權轉讓，征收個人所得稅
《關于個人以股權參與上市公司定向增發征收個人所得稅問題的批復》（國稅函[2011]89號文件）國稅總局對江蘇省地稅局的批復，確認蘇寧環球公司的自然人股東以其持有的浦東建設公司股權參與蘇寧環球定向增發的行為，屬于股權轉讓行為，應該征收個人所得稅。
九、以非貨幣出資形成的股權轉讓時涉及二次納稅義務
《財政部、國家稅務總局關于個人非貨幣性資產投資有關個人所得稅政策的通知》（財稅〔2015〕41號，以下簡稱41號文件）規定，個人以非貨幣性資產投資，屬于個人轉讓非貨幣性資產和投資同時發生。對個人轉讓非貨幣性資產的所得，應按照“財產轉讓所得”項目，依法計算繳納個人所得稅，第一次納稅義務產生。
對個人非貨幣性資產投資形成的股權轉讓所得，仍應按照“財產轉讓所得”項目，依法計算繳納個人所得稅，第二次納稅義務產生。
